| 第1回 | (平成14年度) | 阿佐 巧 | 早稲田大学 |
| 第2回 | (平成15年度) | 瀧澤 雄太 | 早稲田大学 |
| 第3回 | (平成16年度) | 田中 康収 | 東京大学 |
| 第4回 | (平成17年度) | 江村 棋弘 | 同志社大学 |
| 第5回 | (平成18年度) | 村上 深 | 中央大学 |
| 第6回 | (平成19年度) | 村上 深 | 中央大学 |
| 第7回 | (平成20年度) | 高津 昌昭 | 立命館大学 |
| 第8回 | (平成21年度) | 山本 拓徳 | 慶応義塾大学 |
| 第9回 | (平成22年度) | 谷口 洋平 | 早稲田大学 |
| 第10回 | (平成23年度) | 田中 伸幸 | 立命館大学 |
| 第11回 | (平成24年度) | 柳田 朋哉 | 立命館大学 |
| 第12回 | (平成25年度) | 闇雲 翼 | 大阪大学 |
| 第13回 | (平成26年度) | 丹羽 隼也 | 慶應義塾大学 |
| 第14回 | (平成27年度) | 大関 稔 | 専修大学 |
| 第15回 | (平成28年度) | 大関 稔 | 専修大学 |
| 第16回 | (平成29年度) | 豊田 裕仁 | 東洋大学 |
| 第17回 | (平成30年度) | 大関 稔 | 専修大学 |
| 第18回 | (令和元年度) | 石田 太郎 | 早稲田大学 |
| 第19回 | (令和2年度) | ||
| 第20回 | (令和3年度) | 栗田 佳樹 | 東京理科大学 |
| 第21回 | (令和4年度) | 川口 飛翔 | 東京大学 |
全日本学生囲碁王座戦 歴代優勝者
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